W ekologicznej uprawie ziemniaków należy baczną uwagę zwrócić na dobór odmian. Odmiany takie powinny się charakteryzować wysoką odpornością na wirusy (szczególnie na wirus Y i L) oraz dużą odpornością na choroby bakteryjne i grzybowe. Szczególnie niebezpieczna jest zaraza ziemniaka, która wyrządza największe straty w plonie oraz na mątwika ziemniaczanego.