Nadmiar składników pokarmowych (w szczególności azotu i fosforu) w środowisku, wynikający z nadmiernej eksploatacji, oraz fakt, że nie wszystkie składniki pokarmowe wykorzystywane w rolnictwie są skutecznie wchłaniane przez rośliny, jest kolejnym istotnym źródłem zanieczyszczenia powietrza, gleby i wody oraz czynnikiem wywierającym wpływ na klimat. Rolnictwo odpowiada natomiast aż za 10,3% emisji gazów cieplarnianych w UE.